Cụ thể, theo Đầu tư MRB Hà Nội đề xuất điều chỉnh đoạn tuyến đi ngầm thành 8,9km và đoạn tuyến trên cao thành 2,6km. Nguyên nhân do thay đổi phương án dọc tuyến, đoạn chuyển tiếp từ phần cầu cạn sang phần hầm ngầm, đồng thời thay đổi phạm vi giữa 2 phần trên cao và ngầm.
Được biết, tổng nhu cầu sử dụng đất của dự án được điều chỉnh là 92,04ha thay vì 49,06ha theo quyết định ban đầu do xác định lại hành lang bảo vệ tuyến cho đoạn đi cao và ranh giới tuyến đoạn đi ngầm trên cơ sở quy hoạch tổng mặt bằng tuyến và ga đã được UBND Thành phố phê duyệt.
Theo tờ trình của MRB Hà Nội cho biết, trên cơ sở điều chỉnh quy mô đầu tư, tổng mức đầu tư dự án được đề xuất điều chỉnh lên 35.679 tỷ đồng, tăng 16.124 tỷ đồng (82%) so với quyết định được phê duyệt.
Trong đó, thay đổi về quy mô đầu tư, làm tổng mức đầu tư tăng 3.807 tỷ đồng (khoảng 19%); thay đổi tỷ giá quy đổi, làm tổng mức đầu tư tăng 11 tỷ đồng (khoảng 0,1%); các nguyên nhân về giá làm tổng mức đầu tư tăng 5.769 tỷ đồng (khoảng 29,5%); thay đổi chế độ chính sách và các quy định của nhà nước liên quan đến việc xác định và quản lý chi phí đầu tư tăng 6.536 tỷ đồng (khoảng 33,2%). MRB Hà Nội cũng kiến nghị thời gian hoàn thành dự án trong giai đoạn 2009-2034 (dự kiến thời gian bảo dưỡng khoảng 5 năm).
Lý giải việc phải điều chỉnh tổng mức đầu tư, theo MRB, dự án được nghiên cứu lập tại giai đoạn năm 2007 - 2008, khi đó ở Việt Nam chưa có đầy đủ các định mức, đơn giá áp dụng cho loại công trình đường sắt đô thị.
MRB Hà Nội cũng cho rằng, cần phải điều chỉnh tiến độ, thời gian thực hiện của dự án cho phù hợp với thực tế vì hợp đồng dịch vụ tư vấn chung cho dự án đã được ký vào tháng 3/2011. Do quá trình xem xét, thẩm tra, thẩm định điều chỉnh dự án kéo dài từ năm 2012 đến nay chưa kết thúc nên chưa triển khai các gói thầu thi công xây lắp và thiết bị của dự án.
Trước đó, tại Quyết định 2054 ngày 13/11/2008 phê duyệt dự án của UBND Thành phố Hà Nội, tuyến đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo có tổng chiều dài tuyến 11,5km. Trong đó, 8,5km đường đi ngầm, 3km đi cao. Điểm đầu Nam Thăng Long theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài. Điểm cuối giao với phố Trần Hưng Đạo.
Thời gian thực hiện dự án trong giai đoạn 2009-2015, thời gian bảo dưỡng dự kiến khoảng 5 năm. Tổng mức đầu tư dự án là 19.555 tỷ đồng. Trong đó, vốn vay Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) là 16.485 tỷ đồng; vốn đối ứng ngân sách Thành phố Hà Nội là 3.079 tỷ đồng.