Lúc bấy giờ Đông Dương là xứ xuất khẩu gạo quan trọng. Để xúc tiến khai thác thuộc địa và xuất khẩu lúa gạo, người Pháp đã tiến hành thu thập và lưu giữ nguồn gen lúa để chọn lọc ra các giống có năng suất và phẩm chất thích hợp. Cũng trong thời gian này người Pháp nhập nội và thiết lập các đồn điền cao su và cà phê, từ đó kéo theo việc nghiên cứu đánh giá quỹ gen hai loài cây này.
Sau Hiệp định Geneve, bảo tồn quỹ gen cây nông nghiệp được tiến hành ở cả hai miền Nam, Bắc. Ở miền Bắc, từ năm 1952 (Viện Khảo cứu trồng trọt), năm 1955 (Học viện nông lâm), và bắt đầu từ năm 1956 (Viện Khoa học kỹ thuật nông nghiệp Việt Nam - VASI) đã chú trọng thu thập, đánh giá một số tập đoàn giống cây trồng, trong số đó nhiều giống được lưu giữ trong ngân hàng gen cho tới ngày nay. Các tập đoàn quỹ gen cây ăn quả và cây công nghiệp đầu tiên được tạo lập tại Phú Hộ, tỉnh Phú Thọ và Phủ Quỳ, tỉnh Nghệ An. Công việc bị chiến tranh và những khó khăn kinh tế thời hậu chiến kéo dài làm gián đoạn.
Đến năm 1987, sau khi Uỷ ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước, nay là Bộ Khoa học và Công nghệ ban hành Quy chế lâm thời về bảo tồn nguồn gen, nhiệm vụ từng bước được tiến hành chính quy. Từ năm 1985-1992 Với sự giúp đỡ của Bộ Nông nghiệp và Viện Hàn lâm nông nghiệp Liên Bang Nga đã tiến hành thu thập và lưu giữ hàng vạn mẫu giống thuộc 72 loài cây trồng khác nhau (Trần Đình Long, 2007).
Năm 1989 Ngân hàng gen cây trồng Quốc gia được hình thành, có phương tiện để bảo quản giống trong kho lạnh, duy trì đồng ruộng và bảo tồn in vitro. Ngân hàng gen cây trồng Quốc gia được chia thành 2 nhóm chịu sự quản lý của 2 bộ: Cây lâm nghiệp, cây trồng, vật nuôi, vi sinh vật và thiên địch, nguồn gen thủy sản do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý; và nguồn gen cây dược liệu do Bộ Y tế quản lý. Mỗi nhóm có một hệ thống các ngân hàng gen trải dài trên đất nước để bảo tồn các nguồn gen. Hàng năm nhà nước tăng ngân cho các hoạt động này qua các năm.
Năm 1996, thành lập Trung tâm Tài nguyên di truyền thực vật thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam (VAAS), là đầu mối của Hệ thống bảo tồn quỹ gen cây nông nghiệp của cả nước. Một vấn đề đang mang tính thời sự là nguồn gốc xuất xứ và thương hiệu nông sản hàng hoá. Nguồn gốc xuất xứ nông sản gắn liền với hàm lượng nguồn gen bản địa có trong giống cây trồng sản xuất ra nông sản đó.
Hàm lượng cao nhất là giống địa phương sử dụng trong sản xuất, tiếp đến là sự tham gia của nguồn gen bản địa ở các mức độ khác nhau vào việc tạo ra giống mới. Như vậy muốn khẳng định được nguồn gốc xuất xứ nông sản, chúng ta phải khẳng định chủ quyền và bảo tồn có hiệu quả tài nguyên di truyền thực vật của mình./.
