Chuẩn hóa quy trình quản lý thuế, mở rộng áp dụng hồ sơ điện tử
Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, tạo cơ sở thống nhất trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu.
Theo quy định mới, việc khai thuế được thực hiện theo từng lần phát sinh đối với các sắc thuế gồm thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng. Trình tự khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ cũng như việc áp dụng tỷ giá tính thuế sẽ tiếp tục thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.
Thông tư cũng xác định một số trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh. Trong đó có hoạt động xuất nhập khẩu điện năng; hàng hóa kinh doanh tại khu vực cách ly ở sân bay quốc tế, ngoại trừ hàng bán tại cửa hàng miễn thuế theo quy định riêng; hàng hóa phục vụ hành khách trên các chuyến bay quốc tế; nhiên liệu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh và một số trường hợp đặc thù khác theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, các giao dịch mua bán, gia công, cho thuê, mượn hoặc giao nhận hàng hóa giữa doanh nghiệp ưu tiên và đối tác theo quy định hiện hành cũng thuộc diện không phải thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh. Ngoài các trường hợp này, việc miễn khai thuế được áp dụng theo các quy định khác của pháp luật về hải quan.
Thông tư quy định hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chính là hồ sơ hải quan theo Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành. Hồ sơ được nộp tại cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký tờ khai.
Đẩy mạnh số hóa thủ tục, bảo đảm thực hiện thống nhất trên toàn hệ thống
Một trong những điểm đáng chú ý của Thông tư là quy định hai hình thức tiếp nhận hồ sơ khai thuế gồm hồ sơ điện tử và hồ sơ giấy. Đối với phương thức điện tử, người nộp thuế phải khai đầy đủ, chính xác các thông tin trên tờ khai hải quan cùng các chứng từ liên quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ khai báo một số chỉ tiêu theo quy định, doanh nghiệp được gửi bản chụp chứng từ đã ký số qua hệ thống để cơ quan hải quan xử lý.
Trong trường hợp sử dụng hồ sơ giấy, người nộp thuế phải nộp bản chính đối với những chứng từ được quy định bắt buộc. Với các tài liệu không yêu cầu bản gốc, doanh nghiệp có thể nộp bản chụp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan hải quan.
Thông tư đồng thời nhấn mạnh trách nhiệm của người nộp thuế trong việc kê khai trung thực, đầy đủ, chính xác và chịu trách nhiệm trước pháp luật về toàn bộ thông tin, dữ liệu, chứng từ đã cung cấp. Doanh nghiệp cũng phải bảo đảm tính thống nhất giữa hồ sơ lưu giữ tại đơn vị với hồ sơ đã gửi cơ quan hải quan.
Về phía cơ quan quản lý, hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, xử lý hồ sơ thông qua hệ thống điện tử hoặc hồ sơ giấy theo đúng quy định. Khi xác định nghĩa vụ thuế, cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào tờ khai cùng các chứng từ liên quan, đồng thời khai thác dữ liệu từ Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công trực tuyến, Cổng thông tin một cửa ASEAN và các cơ sở dữ liệu chuyên ngành được kết nối để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ.
Thông tư cũng quy định việc khai và nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thông qua nền tảng thương mại điện tử hoặc các nền tảng số khác tiếp tục thực hiện theo quy định của Luật Hải quan và các nghị định, thông tư hướng dẫn có liên quan.
Đáng chú ý, đối với nhiều thủ tục như miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp hay xử lý tiền thuế nộp thừa, nếu các chứng từ đã được cập nhật trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công quốc gia hoặc các cơ sở dữ liệu được kết nối với cơ quan hải quan thì người nộp thuế không phải nộp lại hồ sơ. Doanh nghiệp chỉ cần cung cấp thông tin cần thiết để cơ quan hải quan tra cứu và khai thác dữ liệu.
Song song với việc ban hành quy định mới, Cục Hải quan đã tổ chức hội nghị tập huấn theo hình thức trực tiếp kết hợp trực tuyến với sự tham gia của các đơn vị thuộc Cục và Chi cục Hải quan khu vực trên cả nước. Hội nghị do Phó Cục trưởng Cục Hải quan Nguyễn Thành Hưng chủ trì nhằm phổ biến những nội dung trọng tâm của Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, Thông tư số 86/2026/TT-BTC và Thông tư số 84/2026/TT-BTC về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa do người nước ngoài và người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
Phát biểu chỉ đạo tại hội nghị, Phó Cục trưởng Nguyễn Thành Hưng yêu cầu các đơn vị, đặc biệt là các Chi cục Hải quan khu vực, tập trung nghiên cứu, nắm vững các quy định mới để tổ chức thực hiện đúng quy định, bảo đảm thống nhất trong toàn hệ thống.
Lãnh đạo Cục Hải quan cũng đề nghị các đơn vị chủ động tổ chức tập huấn cho toàn thể công chức, bảo đảm việc triển khai đồng bộ Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thi hành đã có hiệu lực từ ngày 1/7/2026.
Ngoài nội dung tập huấn, hội nghị còn lấy ý kiến các đơn vị nghiệp vụ và Chi cục Hải quan khu vực đối với dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 134/2016/NĐ-CP về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Phó Cục trưởng Nguyễn Thành Hưng yêu cầu các đơn vị rà soát toàn diện quá trình thực hiện các nghị định hiện hành, tổng hợp đầy đủ những khó khăn, vướng mắc phát sinh trong thực tế để tham gia góp ý hoàn thiện dự thảo.
Theo Cục Hải quan, việc phổ biến kịp thời các quy định mới cùng quá trình tiếp thu ý kiến từ thực tiễn sẽ góp phần hoàn thiện khung pháp lý về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hướng minh bạch, thống nhất, tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại quốc tế, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực hải quan.
