Việc triển khai các quy định mới về thủ tục hải quan đang đặt ra không ít khó khăn cho các chi cục khu vực, đặc biệt trong khâu xác nhận chứng từ khai bổ sung và xử lý tờ khai đối với hàng hóa buộc tái xuất hoặc tiêu hủy. Những khác biệt trong cách hiểu và thực hiện giữa hồ sơ giấy và hệ thống điện tử khiến nhiều đơn vị lúng túng, đòi hỏi cơ quan quản lý phải có hướng dẫn thống nhất để tránh gián đoạn hoạt động nghiệp vụ.
Theo quy định tại Thông tư 121/2025/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành, nhiều nội dung liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, thuế xuất nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu đã được sửa đổi, bổ sung. Trong đó, quy định về khai bổ sung hồ sơ và hủy tờ khai là những điểm tác động trực tiếp đến quá trình xử lý tại cơ sở.
Cụ thể, điểm a.8 khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC) nêu rõ: với tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có phương thức vận chuyển là hàng rời, hàng xá, nếu sau khi hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát nhưng phát sinh chênh lệch về số lượng, trọng lượng so với khai báo, công chức hải quan phải kiểm tra và xác nhận trên Phiếu cân hàng của cảng hoặc Biên bản nhận hàng có chữ ký đại diện người bán, hoặc Biên bản ghi nhận tại hiện trường giám định.
Trong khi đó, khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC lại quy định hồ sơ khai bổ sung được thực hiện thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Chính sự song song giữa yêu cầu xác nhận trên chứng từ giấy và nghĩa vụ nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử đã dẫn đến cách hiểu chưa thống nhất tại một số địa phương.
Phản ánh từ Chi cục Hải quan khu vực VIII cho thấy hai vấn đề nổi lên. Thứ nhất, việc xác nhận của công chức hải quan trong trường hợp này sẽ thực hiện hoàn toàn trên chứng từ giấy để lưu hồ sơ, hay có thể xác nhận trực tiếp trên hệ thống điện tử (E5). Thứ hai, với các lô hàng đăng ký tờ khai tại hải quan ngoài cửa khẩu, nếu hải quan cửa khẩu nơi giám sát không truy cập đầy đủ hồ sơ trên hệ thống thì phương thức xác nhận chứng từ sẽ được xử lý ra sao.
Vướng mắc càng rõ hơn tại các cảng biển có hoạt động chuyển tải, sang mạn, neo đậu – nơi điều kiện giám sát trực tiếp còn hạn chế. Từ thực tiễn này, đơn vị cơ sở kiến nghị xem xét tăng cường cơ chế xác nhận điện tử nhằm giảm bớt hồ sơ giấy và tạo thuận lợi cho quá trình thông quan.
Phản hồi những kiến nghị trên, Cục Hải quan cho biết khi thực hiện khai sửa đổi, bổ sung, người khai hải quan phải nộp Phiếu cân hàng hoặc các biên bản liên quan có xác nhận của công chức giám sát cho hải quan nơi đăng ký tờ khai thông qua hệ thống điện tử để hoàn tất thủ tục. Riêng với hoạt động chuyển tải, sang mạn tại cảng biển, việc giám sát được thực hiện theo Điều 52b Thông tư 38/2015/TT-BTC trên cơ sở thu thập thông tin, phân tích và đánh giá rủi ro.
Tùy từng trường hợp cụ thể, Đội trưởng Hải quan quản lý khu vực có thể phân công công chức giám sát bằng nhiều hình thức như sử dụng seal định vị điện tử gắn trên phương tiện vận chuyển nội địa, hệ thống nhận dạng tự động hàng hải (AIS) hoặc kết hợp giám sát trực tiếp, tuần tra, kiểm soát và phối hợp với các lực lượng chức năng. Trên cơ sở kết quả giám sát và đối chiếu chứng từ, nếu đủ căn cứ xác định phù hợp thực tế, công chức sẽ ký xác nhận làm cơ sở cho việc khai bổ sung.
Bên cạnh đó, quy định về hủy tờ khai tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC) cũng đang gây nhiều tranh luận. So với trước đây, quy định cho phép hủy tờ khai trong trường hợp hàng hóa không đáp ứng yêu cầu quản lý, kiểm tra chuyên ngành và bị buộc tái xuất hoặc tiêu hủy đã bị bãi bỏ.
Một số đơn vị đề xuất vẫn nên cho phép hủy tờ khai nhập khẩu ban đầu trong trường hợp tái xuất, bởi khi thực hiện tái xuất theo biên bản giám sát sẽ không mở tờ khai xuất mới, cần đồng bộ dữ liệu hệ thống. Tuy nhiên, Cục Hải quan khẳng định các trường hợp hàng hóa buộc tái xuất, tiêu hủy hoặc bị tịch thu theo quyết định xử lý hành chính, hình sự không thuộc diện hủy tờ khai. Sau khi hoàn tất hình thức xử phạt bổ sung, công chức sẽ cập nhật thông tin trên hệ thống tại mục “Cập nhật ý kiến của công chức xử lý” và chuyển xử lý thủ công bằng nghiệp vụ PAI/PEA với mã lý do MID.
Theo cơ quan quản lý, chỉ những trường hợp hàng hóa đã đăng ký tờ khai nhưng còn trong khu vực giám sát và người khai từ chối nhận hàng theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP) hoặc người nhập khẩu không đáp ứng điều kiện là người khai hải quan mới thuộc diện được hủy. Khi đó, sau khi hoàn tất thủ tục từ chối nhận hàng và giám sát tái xuất, hải quan nơi đăng ký tờ khai mới thực hiện việc hủy theo quy định.
