Theo đó, số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn là 4.760 hồ sơ, tương ứng số tiền đã được hoàn 19.100 tỷ đồng. Số hồ sơ doanh nghiệp hủy đề nghị hoàn là 215 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.514 tỷ đồng do doanh nghiệp sau khi gửi hồ sơ đề nghị hoàn thì tự rà soát đối chiếu với quy định về hoàn thuế nhận thấy, hồ sơ của doanh nghiệp bị thiếu, kê khai sai, cần điều chỉnh số liệu... cần thời gian để xem xét lại hồ sơ, sổ sách chứng từ.
Bên cạnh đó, số hồ sơ cơ quan thuế từ chối đề nghị hoàn là 44 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 310 tỷ đồng. Cơ quan thuế cho biết, nguyên ngân là do rà soát đối chiếu theo quy định của pháp luật thì thấy doanh nghiệp nộp hồ sơ thiếu, sai mẫu hồ sơ đề nghị hoàn, hồ sơ đề nghị hoàn không đủ thủ tục...
Số hồ sơ đề nghị hoàn chưa được cơ quan thuế giải quyết là 199 hồ sơ, tương ứng số tiền đề nghị hoàn 1.119 tỷ đồng, tỷ lệ 4,18% so với tổng số hồ sơ cơ quan thuế đã giải quyết hoàn (199/4.760 hồ sơ). Nguyên nhân do hồ sơ đang trong thời gian giải quyết theo quy định; hồ sơ được chuyển sang cơ quan công an để điều tra, xác minh; do doanh nghiệp xin tạm dừng, hoãn thời gian kiểm tra; do doanh nghiệp chưa cung cấp đủ tài liệu hoặc chờ kết quả xác minh...
Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, đối với các hồ sơ cần thực hiện xác minh thì cơ quan thuế chủ yếu xác minh đến doanh nghiệp trung gian bán hàng trực tiếp cho doanh nghiệp hoàn thuế (doanh nghiệp F1), đã phát hiện 264 doanh nghiệp trung gian bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động, chuyển hồ sơ sang cơ quan công an.
Qua rà soát thông tin dữ liệu tổng thể của cả ngành thuế đối với các doanh nghiệp kinh doanh mặt hàng gỗ và sản phẩm từ gỗ thì có đến 7.609 doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, tạm dừng hoạt động; trong đó có 6.712 doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, 897 doanh nghiệp tạm dừng hoạt động. Đặc biệt trong những doanh nghiệp này, có 24 doanh nghiệp nằm trong vụ án đã khởi tố, điều tra về tội mua bán hóa đơn bất hợp pháp trong thời gian qua.
Tổng cục Thuế cũng cho biết, năm 2022 và 5 tháng đầu năm 2023, cơ quan thuế đã chuyển hồ sơ của 9 doanh nghiệp trực tiếp đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng mặt hàng gỗ và sản phẩm làm từ gỗ, dăm gỗ, viên nén gỗ sang cơ quan Công an để phối hợp điều tra, xác minh. Nguyên nhân do doanh nghiệp có dấu hiệu sử dụng hoá đơn khống để hoàn thuế, doanh nghiệp mua hàng của doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế.