Trong định hướng tổ chức lại hoạt động đường sắt khu vực nội đô, Bộ Xây dựng cùng UBND thành phố Hà Nội đã thống nhất điều chỉnh phương án khai thác tuyến đường sắt đi qua khu vực trung tâm. Theo đó, đoạn đường sắt từ ga Hà Nội đến ga Gia Lâm sẽ được sắp xếp lại hoạt động chạy tàu với mục tiêu giảm mật độ tàu, đảm bảo an toàn giao thông, đồng thời tạo điều kiện cho kế hoạch chỉnh trang đô thị trong thời gian tới.
Một trong những thay đổi đáng chú ý là việc giảm tần suất tàu khách và tàu du lịch trên đoạn ga Hà Nội - ga Gia Lâm. Phương án mới dự kiến tổ chức lại hành trình của các đoàn tàu theo hướng rút ngắn điểm đầu - cuối. Cụ thể, các đoàn tàu từ phía Nam khi đến Hà Nội sẽ dừng hành trình tại ga Hà Nội thay vì tiếp tục đi qua cầu Long Biên để sang phía Đông thành phố. Ngược lại, những chuyến tàu xuất phát từ phía Bắc sẽ kết thúc hành trình tại ga Gia Lâm. Những đoàn tàu nằm trong diện cắt giảm tần suất cũng sẽ dừng tại ga Gia Lâm, thay vì tiếp tục chạy qua khu vực trung tâm như trước đây.
Việc điều chỉnh này được đánh giá nhằm giảm mật độ tàu đi qua cầu Long Biên và khu vực phố cà phê đường tàu, nơi nhiều năm qua thu hút đông du khách nhưng cũng tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông đường sắt. Khi tần suất tàu giảm, áp lực hoạt động trên tuyến đường sắt xuyên nội đô sẽ được hạn chế đáng kể.
Để bảo đảm nhu cầu đi lại của hành khách sau khi thay đổi tổ chức chạy tàu, thành phố Hà Nội dự kiến xây dựng thêm điểm trung chuyển giao thông công cộng tại khu vực nhà máy xe lửa Gia Lâm. Điểm trung chuyển này sẽ đóng vai trò kết nối giữa ga Hà Nội và ga Gia Lâm thông qua hệ thống xe buýt, giúp hành khách thuận tiện di chuyển giữa hai đầu tuyến. Đây được xem là giải pháp hỗ trợ quan trọng trong bối cảnh hành trình tàu bị rút ngắn so với trước.
Song song với việc điều chỉnh tàu khách, hoạt động vận tải hàng hóa trên đoạn Hà Nội - Long Biên - Gia Lâm cũng sẽ có thay đổi lớn. Theo thống nhất giữa các cơ quan liên quan, tàu hàng sẽ dừng khai thác trên đoạn tuyến này. Thay vào đó, toàn bộ hoạt động vận chuyển hàng hóa bằng đường sắt sẽ được chuyển sang tuyến phía Tây hiện có, cụ thể là tuyến Bắc Hồng - Văn Điển. Việc điều chuyển này nhằm giảm áp lực vận tải hàng hóa qua khu vực trung tâm thành phố, đồng thời tạo điều kiện để triển khai các kế hoạch chỉnh trang đô thị dọc tuyến đường sắt cũ.
Để phục vụ việc tổ chức lại vận tải hàng hóa, Hà Nội cũng phối hợp với Tổng công ty Đường sắt Việt Nam khảo sát quỹ đất phù hợp làm bãi chứa hàng. Theo dự kiến, khoảng 1 ha đất tại khu vực phía ga Hà Đông, thuộc phường Phú Lương, sẽ được nghiên cứu bố trí cho mục đích này. Khu vực bãi hàng mới được kỳ vọng sẽ hỗ trợ hoạt động logistics đường sắt sau khi tàu hàng không còn đi qua tuyến nội đô.
Ngoài các điều chỉnh về vận hành tàu, một nội dung quan trọng khác được hai bên thống nhất là chủ trương chuyển giao một phần kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia trên đoạn ga Hà Nội - ga Gia Lâm cho thành phố quản lý. Phạm vi chuyển giao dự kiến bao gồm toàn bộ hạ tầng từ mặt ray trở xuống, trong đó có cả cầu Long Biên, công trình mang giá trị lịch sử đặc biệt của Thủ đô.
Việc chuyển giao hạ tầng này nhằm tạo cơ sở để Hà Nội chủ động triển khai các dự án cải tạo, chỉnh trang không gian đô thị dọc tuyến đường sắt. Thành phố định hướng việc tái thiết khu vực phải gắn với bảo tồn và phát huy giá trị lịch sử - văn hóa của khu trung tâm, đặc biệt là những di sản như cầu Long Biên hay không gian đô thị cũ quanh ga Hà Nội.
Để triển khai chủ trương trên, Bộ Xây dựng đã quyết định thành lập một tổ công tác liên ngành. Nhiệm vụ của tổ công tác là rà soát toàn bộ cơ sở pháp lý, kiểm kê hiện trạng tài sản hạ tầng đường sắt cũng như xây dựng phương án tổng thể cho quá trình bàn giao đoạn tuyến từ ga Hà Nội đến ga Gia Lâm. Công việc này sẽ được thực hiện với sự phối hợp của UBND thành phố Hà Nội và Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.
Theo phân công, Cục Đường sắt Việt Nam chịu trách nhiệm đánh giá phạm vi, hiện trạng tài sản và nghiên cứu lộ trình thực hiện việc bàn giao. Đồng thời, cơ quan này cũng sẽ đề xuất các hạng mục cần đầu tư, phương án tổ chức thực hiện và xác định rõ trách nhiệm của từng bên liên quan trong quá trình chuyển giao hạ tầng.
Sau khi hoàn tất quá trình rà soát và xây dựng phương án, tổ công tác sẽ tổng hợp kết quả để báo cáo Bộ Xây dựng và UBND thành phố Hà Nội. Trên cơ sở đó, các cơ quan có thẩm quyền sẽ xem xét, đưa ra quyết định cuối cùng đối với việc bàn giao và khai thác hạ tầng tuyến đường sắt nội đô trong thời gian tới.
