Bổ sung chứng từ hợp lệ, doanh nghiệp được khấu trừ lại thuế VAT đầu vào

Siết điều kiện khấu trừ nhưng mở thêm cơ chế “gỡ vướng” cho doanh nghiệp

Chính phủ vừa ban hành Nghị định 144/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 181/2025/NĐ-CP nhằm hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (VAT). Có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, nghị định mới được đánh giá là mang tới nhiều thay đổi đáng chú ý liên quan đến cơ chế khấu trừ thuế đầu vào, cách xác định doanh thu phân bổ thuế cũng như mở rộng nhóm hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện chịu thuế VAT.

Một trong những điểm được cộng đồng doanh nghiệp quan tâm là quy định cho phép kê khai bổ sung để khấu trừ lại thuế giá trị gia tăng đầu vào trong trường hợp doanh nghiệp hoàn thiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt sau khi đã phải điều chỉnh giảm số thuế được khấu trừ trước đó.

Theo quy định mới, đối với hàng hóa, dịch vụ mua theo hình thức trả chậm hoặc trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp sẽ căn cứ vào hợp đồng bằng văn bản, hóa đơn VAT cùng chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để thực hiện khấu trừ thuế đầu vào.

Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp phát sinh trường hợp chưa đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng nên chưa thể bổ sung ngay chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Với quy định mới, các đơn vị này vẫn được tạm thời khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào trong giai đoạn chưa đến kỳ thanh toán theo cam kết.

Tuy nhiên, khi đã đến hạn mà doanh nghiệp không cung cấp được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo đúng quy định, phần thuế giá trị gia tăng đã kê khai khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ không đủ điều kiện sẽ phải điều chỉnh giảm trong kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Điểm đáng chú ý nằm ở chỗ nghị định lần này mở ra cơ chế xử lý linh hoạt hơn cho doanh nghiệp. Nếu sau đó đơn vị bổ sung đầy đủ chứng từ thanh toán hợp lệ, doanh nghiệp được phép kê khai bổ sung để khấu trừ lại phần thuế VAT đầu vào từng phải điều chỉnh giảm trước đó. Quy định này được kỳ vọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho nhiều doanh nghiệp trong quá trình giao dịch thương mại, đặc biệt với các hợp đồng có thời gian thanh toán kéo dài hoặc phát sinh thủ tục đối chiếu công nợ phức tạp.

Việc duy trì yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt tiếp tục cho thấy định hướng của cơ quan quản lý trong kiểm soát dòng tiền, hạn chế giao dịch tiền mặt và tăng tính minh bạch trong hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ. Song song với đó, cơ chế cho phép khấu trừ trở lại khi hoàn thiện hồ sơ được xem là giải pháp cân bằng hơn giữa yêu cầu quản lý thuế và thực tế vận hành của doanh nghiệp.

Ngoài nội dung liên quan đến chứng từ thanh toán, Nghị định 144/2026/NĐ-CP cũng sửa đổi nguyên tắc phân bổ thuế VAT đầu vào đối với doanh nghiệp đồng thời phát sinh hoạt động chịu thuế và không chịu thuế. Theo quy định, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế đầu vào tương ứng với hoạt động sản xuất, kinh doanh thuộc diện chịu thuế VAT. Điều này đồng nghĩa các khoản chi phí phục vụ hoạt động không chịu thuế sẽ không được tính khấu trừ.

Để thực hiện đúng quy định, doanh nghiệp phải hạch toán riêng phần thuế đầu vào được khấu trừ và phần không được khấu trừ. Trường hợp không thể tách biệt riêng từng khoản, doanh nghiệp sẽ áp dụng phương pháp phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu phát sinh trong kỳ tính thuế.

Mở rộng nhóm không chịu thuế VAT, điều chỉnh cách xác định doanh thu đặc thù

Bên cạnh việc điều chỉnh cơ chế khấu trừ thuế, nghị định mới cũng thay đổi cách xác định doanh thu đối với nhiều lĩnh vực tài chính đặc thù. Đây được xem là bước điều chỉnh nhằm đồng bộ quy định thuế với pháp luật chuyên ngành đang áp dụng trong từng lĩnh vực.

Theo đó, tổng doanh thu dùng để tính tỷ lệ phân bổ thuế sẽ bao gồm doanh thu chịu thuế, doanh thu không chịu thuế và cả giá trị gia tăng từ hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý, ngoại trừ trường hợp phát sinh giá trị gia tăng âm.

Trước đây, với các hoạt động như kinh doanh ngoại tệ hoặc mua bán chứng khoán, doanh thu được xác định bằng phần chênh lệch giữa giá bán và giá mua, sau khi loại trừ trường hợp chênh lệch âm. Tuy nhiên, quy định này nay được thay thế bằng cơ chế xác định doanh thu theo pháp luật chuyên ngành.

Cụ thể, doanh thu của tổ chức tín dụng và chi nhánh ngân hàng nước ngoài sẽ thực hiện theo quy định pháp luật về các tổ chức tín dụng. Với hoạt động chứng khoán, cách xác định doanh thu áp dụng theo pháp luật chứng khoán và thị trường chứng khoán. Trong khi đó, lĩnh vực bảo hiểm sẽ xác định doanh thu căn cứ theo quy định của pháp luật về kinh doanh bảo hiểm.

Việc chuyển sang áp dụng quy định chuyên ngành được đánh giá giúp giảm chồng chéo pháp lý, đồng thời phản ánh sát hơn bản chất hoạt động tài chính của từng lĩnh vực.

Không chỉ sửa đổi cơ chế phân bổ thuế, Nghị định 144/2026/NĐ-CP còn mở rộng thêm nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế VAT. Đáng chú ý, lĩnh vực bảo hiểm có thêm nhiều sản phẩm được bổ sung vào danh mục không chịu thuế. Trong đó bao gồm bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm sức khỏe, bảo hiểm học sinh, sinh viên và các sản phẩm bảo hiểm gắn trực tiếp với con người.

Ngoài ra, nhóm bảo hiểm nông nghiệp cũng được đưa vào diện không chịu thuế, gồm bảo hiểm cây trồng, vật nuôi và các sản phẩm bảo hiểm phục vụ hoạt động khai thác thủy sản. Các nghiệp vụ tái bảo hiểm theo quy định pháp luật hiện hành cũng nằm trong danh mục được miễn thuế giá trị gia tăng.

Theo giới chuyên môn, việc mở rộng phạm vi không chịu thuế với lĩnh vực bảo hiểm không chỉ góp phần giảm chi phí dịch vụ mà còn tạo điều kiện thúc đẩy người dân và doanh nghiệp tiếp cận các sản phẩm bảo hiểm nhiều hơn trong bối cảnh nhu cầu quản trị rủi ro ngày càng gia tăng.

Một nội dung khác cũng gây chú ý là việc bổ sung hoạt động bán nợ vào nhóm không chịu thuế VAT. Phạm vi áp dụng bao gồm cả khoản phải thu, khoản phải trả và chứng chỉ tiền gửi. Sự điều chỉnh này được cho là phù hợp hơn với bản chất của các giao dịch tài chính, thay vì coi đây là hoạt động cung ứng hàng hóa, dịch vụ thông thường.

Liên quan đến hàng hóa xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản, nghị định tiếp tục điều chỉnh theo hướng linh hoạt hơn. Theo quy định mới, các sản phẩm nằm trong danh mục không khuyến khích xuất khẩu hoặc thuộc diện hạn chế xuất khẩu sẽ được xác định là không chịu thuế VAT. Danh mục cụ thể sẽ do cơ quan quản lý chuyên ngành đề xuất và Chính phủ xem xét quyết định theo từng thời kỳ.

Những thay đổi tại Nghị định 144/2026/NĐ-CP cho thấy xu hướng điều hành chính sách thuế đang hướng tới mục tiêu vừa tăng cường quản lý, minh bạch hóa giao dịch, vừa tháo gỡ những vướng mắc thực tế phát sinh trong hoạt động sản xuất, kinh doanh. Với hàng loạt điều chỉnh liên quan đến khấu trừ thuế, phân bổ doanh thu và mở rộng nhóm không chịu thuế, doanh nghiệp sẽ cần sớm rà soát lại quy trình kế toán, thanh toán và kê khai thuế để bảo đảm tuân thủ đúng quy định mới khi nghị định chính thức có hiệu lực.