Trong quá trình hoàn thiện dự thảo Thông tư hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Bộ Tài chính đã tiếp thu nhiều ý kiến nhằm chuẩn hóa cách xác định nghĩa vụ thuế đối với tổ chức nước ngoài kinh doanh hoặc phát sinh thu nhập tại Việt Nam. Một trong những điểm đáng chú ý là việc áp thuế suất 20% đối với khoản thu nhập từ tiền bồi thường của nhà thầu nước ngoài, đồng thời làm rõ phương thức kê khai và các trường hợp được miễn áp dụng thuế.
Các góp ý xoay quanh Điều 7 của dự thảo được xem là nội dung cần rà soát kỹ để tránh cách hiểu khác nhau trong thực tế. Bộ Khoa học và Công nghệ đề nghị chuyển quy định tại điểm b khoản 1, liên quan đến các trường hợp loại trừ áp dụng thuế TNDN, sang khoản 2 để bảo đảm đồng bộ với cấu trúc dự thảo. Đây là nhóm quy định dành cho các tổ chức nước ngoài không phải nộp thuế TNDN, như trường hợp bán hàng hóa tại kho ngoại quan hoặc giao dịch giữa các doanh nghiệp chế xuất theo chỉ định của đối tác nước ngoài.
Hiệp hội Thương mại Hoa Kỳ tại Hà Nội (AmCham) cũng đồng tình với việc điều chỉnh này, cho rằng việc gom các trường hợp ngoại trừ vào cùng một khoản sẽ giảm thiểu nguy cơ diễn giải thiếu thống nhất khi triển khai. Trên cơ sở đó, Bộ Tài chính đã chuyển nội dung về việc doanh nghiệp nước ngoài sử dụng kho ngoại quan, cảng nội địa làm kho lưu giữ hàng hóa phụ trợ sang khoản 2 như khuyến nghị.
Song song với việc sắp xếp lại kết cấu, Bộ Tài chính cũng rà soát cách dẫn chiếu để bảo đảm phù hợp với Nghị định hướng dẫn Luật Thuế TNDN. Dự thảo Thông tư mới đã cập nhật theo điểm b khoản 3 Điều 12 của Nghị định nhằm thống nhất về phạm vi và cơ chế thực thi.
Một trong những điểm được các cơ quan quản lý quan tâm là xác định doanh thu tính thuế. Ngân hàng Nhà nước cho rằng dự thảo cần xem xét lại quy định dẫn chiếu, bởi Điều 8 dự thảo Nghị định chỉ đề cập doanh thu chịu thuế mà chưa tính đến các khoản chi phí bên Việt Nam chi trả thay nhà thầu nước ngoài. Trên cơ sở này, Bộ Tài chính đã chỉnh sửa theo hướng doanh thu tính thuế phải bao gồm toàn bộ khoản mà nhà thầu nhận được, kể cả phần chi phí do phía Việt Nam chi hộ.
Với thu nhập từ tiền bồi thường, khoản 7 Điều 7 dự thảo nêu rõ nhà thầu nước ngoài được lựa chọn giữa hai phương thức: nộp thuế theo tỷ lệ trên doanh thu hoặc kê khai doanh thu - chi phí theo mức thuế suất phổ thông. Đây được xem là cách tạo sự linh hoạt cho doanh nghiệp trong bối cảnh nhiều hợp đồng phát sinh khoản bồi thường có tính chất phức tạp.
Một loạt góp ý khác đến từ cơ quan thuế địa phương, đặc biệt là Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi. Đơn vị này cho rằng quy định về doanh thu chịu thuế đối với từng hoạt động của nhà thầu nước ngoài chưa đủ rõ, nhất là với các hợp đồng EPC. Thực tế, nhiều nhà thầu nước ngoài sau khi ký hợp đồng EPC lại giao toàn bộ hoặc phần lớn giá trị công việc cho nhà thầu phụ, nhưng hợp đồng phụ không tách bạch giá trị từng hạng mục khiến cơ quan thuế khó xác định phần giá trị còn lại để tính thuế.
Từ yêu cầu thực tiễn, Cục Thuế Quảng Ngãi đề nghị Bộ Tài chính đưa ra hướng dẫn cụ thể, kèm ví dụ minh họa về cách tính “giá trị còn lại” trong hợp đồng EPC, đặc biệt trong trường hợp giá trị xây dựng chỉ chiếm một phần trong tổng gói thầu. Bộ Tài chính cho biết các nội dung liên quan đã được kế thừa từ Thông tư 103/2014 và được rà soát lại để phù hợp hơn với thực tế hiện nay. Theo đó, doanh thu tính thuế của nhà thầu nước ngoài sẽ không bao gồm phần việc do nhà thầu phụ đảm nhận, với điều kiện hợp đồng phụ và danh mục công việc phải được liệt kê rõ ràng kèm theo hợp đồng chính.
Liên quan đến thương mại điện tử và kinh tế số, Cục Thuế Hà Nội đề xuất bổ sung hướng dẫn về cơ sở thường trú của doanh nghiệp nước ngoài. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho biết nội dung này đã được quy định trong Luật Thuế TNDN và dự thảo Nghị định, do đó Thông tư sẽ không lặp lại để tránh trùng lặp.
Với những điều chỉnh này, Bộ Tài chính cho rằng dự thảo Thông tư đã đảm bảo tính thống nhất, loại bỏ mâu thuẫn và làm rõ cơ chế tính thuế với nhà thầu nước ngoài, đặc biệt trong các hoạt động bồi thường, EPC và dịch vụ có nhà thầu phụ tham gia.
