Tuy nhiên, Việt Nam hiện chỉ có duy nhất 1 giống thanh long LD1 là có bản quyền và được đăng ký bảo hộ bởi 1 doanh nghiệp duy nhất. Điều này đồng nghĩa, sẽ chỉ có 1 loại thanh long của 1 doanh nghiệp được phép vào thị trường Nhật Bản.
Trong khi đó, hàng triệu tấn thanh long hiện có thuộc nhiều giống khác nhau và thuộc sở hữu của hàng trăm hợp tác xã và chưa được đăng ký bảo hộ bản quyền sử dụng giống.
Năm 2009, thị trường Nhật Bản chính thức cho phép nhập khẩu quả thanh long ruột trắng từ Việt Nam. Năm 2017, thanh long ruột đỏ được cấp phép xuất khẩu vào thị trường này.
Nhưng đến tháng 1 năm nay, các doanh nghiệp xuất khẩu nhận được thông báo từ cơ quan kiểm dịch về việc áp dụng mã số vùng trồng cho trái thanh long ruột trắng và thanh long ruột đỏ khi xuất khẩu qua thị trường Nhật Bản.
Theo đó, để tiếp tục xuất khẩu thanh long vào thị trường Nhật, vùng trồng phải được cấp mã số. Vấn đề vướng mắc ở chỗ, để có mã số vùng trồng thì phải chứng minh giống đang trồng là giống thanh long LD1.
Trong khi từ tháng 5/2017, Viện Cây ăn quả miền Nam đã bán bằng bảo hộ giống cây trồng thanh long ruột đỏ LD1 cho một doanh nghiệp với thời gian bảo hộ lên tới 20 năm.
Tuy nhiên trước khi bán bản quyền giống cho doanh nghiệp thì Viện này đã bán giống thanh LD1 cho bà con trồng đại trà rất nhiều ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Do đó, nông dân rất khó được cấp giấy chứng nhận nguồn gốc giống để được cấp mã số vùng trồng ở thời điểm này./.