Tuy nhiên, nguồn ngân sách dành cho hoạt động của các khu bảo tồn thiên nhiên trên toàn cầu vẫn rất khiêm tốn, đặc biệt là ở các nước đang phát triển với tỷ lệ ước tính chỉ chiếm dưới 1% GDP hàng năm. Trong cơ cấu tài chính của hầu hết các khu bảo tồn thiên nhiên, dễ nhận thấy các nguồn tài chính có thể đến từ các tài trợ quốc tế, các hợp tác đa phương, song phương và từ các hỗ trợ từ lĩnh vực tư nhân và cộng đồng. Tuy nhiên các nguồn lực này vẫn chưa nhiều, không chắc chắn, ổn định và liên tục, do vậy ngân sách quốc gia hiện vẫn luôn là nguồn tài chính chủ lực cho tất cả các hoạt động của các khu bảo tồn thiên nhiên.
Trong những năm gần đây, Việt Nam đã có những chính sách quan trọng trong việc hỗ trợ nguồn tài chính cho các hoạt động bảo vệ rừng và bảo tồn đa dạng sinh học như Nghị định 117/2010/NĐ-CP về tổ chức, quản lý rừng đặc dụng và Nghị định 99/2010/NĐ-CP về chính sách chi trả dịch vụ môi trường rừng. Đây được xem là những chính sách đột phá cho việc xã hội hóa các nguồn đầu tư, góp phần tìm kiếm nguồn tài chính bền vững cho bảo tồn nguồn tài nguyên rừng.
Ngoài ra, còn có Quyết định số 24/2012/QĐ-TTg về đầu tư phát triển rừng đặc dụng với cam kết cung cấp nguồn kinh phí ổn định hàng năm cho công tác bảo vệ rừng và hỗ trợ phát triển kinh tế xã hội vùng đệm cho cộng đồng địa phương nhằm tăng hiệu lực và hiệu quả bảo vệ nguồn tài nguyên rừng. Tuy nhiên, các nguồn tài chính này vẫn còn quá eo hẹp so với các hoạt động bảo tồn và chưa tương xứng với những giá trị mà nguồn tài nguyên đa dạng sinh học từ rừng mang lại. Theo đánh giá bước đầu của Tổng cục Môi trường, giá trị từ rừng mà người dân đang sử dụng trực tiếp ước tính tương đương 3,9% tổng thu nhập quốc dân (GDP), tuy nhiên ngân sách chi trực tiếp cho bảo tồn đa dạng sinh học chiếm chưa đến 0,4% tổng ngân sách.
Có thể nói hiện nay hầu hết các khu rừng đặc dụng Việt Nam vẫn đang loay hoay trong việc tìm kiếm nguồn tài chính bền vững cho các hoạt động bảo vệ rừng và bảo tồn tài nguyên đa dạng sinh học. Nguồn tài chính ổn định, lâu dài và liên tục sẽ cho phép các nhà quản lý có các kế hoạch dài hơi cho các hoạt động bảo tồn bền vững hệ sinh thái rừng tự nhiên. Và để hiện thực hóa điều này, trước tiên, cần thiết lập một mã dòng ngân sách Nhà nước dành riêng cho hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học.
Việc phân bổ nguồn ngân sách này cần căn cứ vào nhu cầu thực tế, đảm bảo tính minh bạch và dành tỉ trọng phù hợp cho các hoạt động nghiên cứu khoa học phục vụ cho công tác bảo tồn hiệu quả. Đối với các nước phát triển hiện nay, ngân sách từ nhà nước cũng đóng vai trò chủ đạo trong việc cung cấp nguồn tài chính cho các hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học vì đầu tư cho bảo tồn là đầu tư cho hiện tại và tương lai, đảm bảo cho sự phát triển bền vững của quốc gia.
Song song với việc thiết lập nguồn ngân sách riêng cho bảo tồn, có thể huy động thêm một phần tài chính từ nguồn thu điện và nước sạch dưới chương trình chi trả dịch vụ môi trường rừng. Nguồn thu này đã góp phần quan trọng trong công tác bảo vệ vệ rừng với sự tham gia tích cực của cộng đồng bản địa. Tuy nhiên, công tác bảo tồn tài nguyên rừng không chỉ dừng ở việc bảo vệ nguyên vẹn hệ sinh thái rừng hiện có mà còn cần các hoạt động khác nhằm bảo tồn bền vững hệ sinh thái rừng trong một tương lai lâu dài. Do vậy, cần có những chính sách nhất quán để dành một phần nguồn tài chính từ nguồn thu này để các chủ rừng xây dựng kế hoạch và tiến hành các hoạt động nghiên cứu, bảo tồn với các định hướng dài hơi hơn.
Ngoài hai đề xuất nêu trên, cần tích cực đẩy mạnh hợp tác đa phương và song phương với các tổ chức, nhà khoa học trong nước và quốc tế trong lĩnh vực nghiên cứu các giá trị đa dạng sinh học của hệ sinh thái rừng tự nhiên quốc gia. Trong khi nguồn ngân sách dành cho hoạt động này còn khiêm tốn, nguồn nhân lực cho các hoạt động này còn hạn chế thì việc mở rộng hợp tác với các tổ chức, nhà khoa học có năng lực là hết sức quan trọng trong việc đề ra các kế hoạch, hoạt động bảo tồn thích hợp, lâu dài và hiệu quả./.