Trước đây, Nghị định số 75/2017/NĐ-CP quy định Bộ Y tế có 23 tổ chức, trong đó có 20 tổ chức giúp bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Nay Nghị định số 95/2022/NĐ-CP quy định Bộ Y tế có 21 tổ chức, trong đó có 18 tổ chức giúp bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Trong đó, Nghị định 95/2022/NĐ-CP giữ nguyên 16 tổ chức có chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế gồm:
1. Vụ Bảo hiểm y tế.
2. Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em.
3. Vụ Tổ chức cán bộ.
4. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
5. Vụ Pháp chế.
6. Vụ Hợp tác quốc tế.
7. Văn phòng Bộ.
8. Thanh tra Bộ.
9. Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo.
10. Cục Y tế dự phòng.
11. Cục Phòng, chống HIV/AIDS.
12. Cục Quản lý Môi trường y tế.
13. Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
14. Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền.
15. Cục Quản lý Dược.
16. Cục An toàn thực phẩm.
17. Cục Cơ sở hạ tầng và Thiết bị y tế.
18. Cục Dân số.
19. Viện Chiến lược và Chính sách y tế.
20. Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia.
21. Báo Sức khỏe và Đời sống.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 18 Điều này là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước, các tổ chức quy định từ khoản 19 đến khoản 21 Điều này là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế.
Nghị định 95/2022/NĐ-CP vẫn giữ nguyên Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Báo Sức khỏe và Đời sống.
Ngoài ra Chính phủ đã tổ chức lại một số tổ chức như: Tổng cục Dân số chuyển thành Cục Dân số. Không duy trì Vụ Truyền thông và thi đua khen thưởng, Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế, Cục Công nghệ thông tin, Tạp chí Y Dược học. Thành lập Cục Cơ sở hạ tầng và Thiết bị y tế và Trung tâm Thông tin y tế Quốc gia.
Bộ trưởng Bộ Y tế trình Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp khác trực thuộc Bộ Y tế.
