Theo đó, nâng tổng số bị can lên 67 người về các tội danh như Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản, Vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới, Sản xuất hàng giả; Buôn lậu; Nhận hối lộ; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng...
Trước đó, như Tạp chí Doanh nghiệp và Kinh tế xanh đã đưa tin hồi tháng 11/2022, trong số 60 bị can có liên quan đến sai phạm xảy ra tại Công ty CP Phát triển Nhà Thủ Đức có 18 người là lãnh đạo, cán bộ của Cục thuế TP HCM như: bà Nguyễn Thị Bích Hạnh - Phó cục trưởng; Phạm Minh Tuấn - cựu trưởng phòng Kê khai kế toán thuế; Cao Văn Tỵ, Trưởng phòng Thanh tra kiểm tra thuế số 5; Nguyễn Xuân Thắng, Trưởng phòng Kiểm tra nội bộ; Đào Thị Nga, cán bộ Chi cục Thuế quận 1; Nguyễn Phương Nam, cán bộ Chi cục thuế quận 3; Ngô Huỳnh Luỹ, cán bộ Chi cục thuế quận 5...
Theo kết luận điều tra bổ sung, năm 2016-2019, trong giai đoạn làm Cục trưởng Cục Thuế TP HCM, ông Trần Ngọc Lâm đã giải quyết hoàn thuế GTGT trái quy định cho Thuduc House 17 lần với tổng số 365 tỷ đồng. Tại 17 lần, Cục phó Nguyễn Thị Bích Hạnh ký quyết định 16 lần.
Chủ mưu được xác định là Trịnh Tiến Dũng (đang trốn truy nã), theo cơ quan cảnh sát điều tra từ năm 2016 đến 2020, Dũng thành lập hàng trăm doanh nghiệp ở Việt Nam, Mỹ, Campuchia, Hong Kong, Singapore và Malaysia để xuất nhập khẩu hàng hóa linh kiện điện tử. Các mặt hàng nhập khẩu là Chip, Ram, SD Card, Mini PC... đều là hàng giả, đã qua sử dụng nhưng được nâng khống giá gấp nhiều lần. Việc này nhằm lợi dụng chính sách Nhà nước khuyến khích doanh nghiệp xuất khẩu linh kiện điện tử có thuế GTGT 0%.
Từ tháng 2/2018 đến tháng 6/2019, Trịnh Tiến Dũng (đã bỏ trốn) chỉ đạo cấp dưới móc nối với cán bộ, lãnh đạo Thuduc House để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài. Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỷ đồng).
Sau đó, lợi dụng thuế GTGT 0% áp dụng với doanh nghiệp xuất khẩu linh kiện điện tử, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá hơn 4.000 tỷ đồng và 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TP. HCM đề nghị hoàn thuế suất hơn 365 tỷ đồng.
Cục Thuế TP. HCM sau khi nhận hồ sơ đã ban hành 17 quyết định hoàn thuế GTGT cho Thuduc House với số hơn 365 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra cho rằng, việc để xảy ra hành vi gian dối, lập hồ sơ khống để hoàn thuế giá trị gia tăng còn có hành vi trái pháp luật về quản lý thuế của cán bộ Cục Thuế TP. HCM trong việc kiểm tra, thanh tra, xét duyệt, quyết định hoàn thuế.
Cụ thể, các bị can tại Cục thuế TP. HCM đã không tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế, quy trình trong việc xét duyệt, thẩm định hoàn thuế GTGT, không đối chiếu số liệu, không báo cáo dấu hiệu bất thường trong các bộ hồ sơ, không tổ chức thanh tra để phát hiện sai phạm, dẫn đến việc hoàn thuế không đúng, gây thất thoát cho nhà nước hơn 365 tỷ đồng.