Cụ thể, về thuế GTGT, HNF đã kê khai khấu trừ đối với hóa đơn hàng hóa, dịch vụ (HHDV) trả hộ cho chi nhánh không đúng quy định; kê khai khấu trừ các hóa đơn sau khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra chưa đúng quy định; kê khai khấu trừ đối với các hóa đơn mua HHDV của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ của cơ quan thuế chưa đúng quy định; kê khai sai thuế GTGT là hàng hóa trứng gà (chưa qua sơ chế), chi phí lãi vay, khấu hao xuất chuyển cho chi nhánh Miền Bắc không tính thuế thành không chịu thuế.
Ngoài ra, HNF còn vi phạm một số quy định về thuế TNDN như chưa điều chỉnh chi phí không được trừ, khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với chi phí lãi vay vượt quá quy định; chưa điều chỉnh chi phí khoản xử phạt chậm nộp do vi phạm hành chính, khoản điều chỉnh chi phí không đúng quy định; chưa điều chỉnh chi phí trích trước không chi hết; hạch toán chi phí đối với các hóa đơn mua hàng hóa dịch vụ của doanh nghiệp có thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký của cơ quan thuế.
HNF sẽ phải nộp cho cơ quan thuế hơn 1.1 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Bao gồm, khoản tiền phạt hơn 202 triệu đồng, đồng thời bị truy thu hơn 881 triệu đồng và đóng tiền chậm nộp thuế GTGT gần 25 triệu đồng.
Nhận định về nguyên nhân bị truy thu thuế, HNF cho biết việc truy thu thuế GTGT và TNDN đối với doanh nghiệp sản xuất nói chung là nghiệp vụ kinh tế không thể tránh khỏi. Theo đó, Công ty cho biết sẽ tăng cường quản trị nội bộ bằng việc thực hiện vai trò của Ban Kiểm soát và Công ty kiểm toán để phòng ngừa, khắc phục.
