Theo Bộ GTVT, nguyên nhân 2 dự án này triển khai đều chậm và xin lùi tiến độ một phần là do công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) cùng một số khó khăn khách quan phát sinh trong công việc.
Cụ thể, với tuyến số 1 Bến Thành - Suối Tiên, tính đến nay khối lượng thi công đạt 92,19%,dự kiến cuối năm sẽ nhích lên được 93%, tuy nhiên hiện nay công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) vẫn chưa xong. Địa phương đang khẩn trương phối hợp với các đơn vị liên quan để nhanh chóng hoàn tất giải phóng các công trình hạ tầng, nhà dân còn lại dọc chín vị trí cầu bộ hành của đoạn thi công trên cao.
Trong khi đó, về tiến độ các gói thầu, đại diện Ban quản lý dự án cho biết, gói thầu xây dựng đoạn ngầm từ ga Bến Thành đến ga Nhà hát Thành phố mới đạt khoảng 97,16%; gói thầu xây dựng đoạn ngầm từ ga Nhà hát Thành phố đến ga Ba Son thực hiện đạt khoảng 99,64%; gói thầu xây dựng đoạn đi trên cao và depot thực hiện đạt khoảng 96,17%; gói thầu mua sắm thiết bị cơ điện, đầu máy toa xe, đường ray và bảo dưỡng thực hiện đạt mới khoảng 82,92%.
Nguyên nhân dự án tiếp tục bị chậm là do Thành phố phải điều chỉnh thiết kế, nhà thầu khiếu nại yêu cầu chủ đầu tư gia hạn thời gian thực hiện hợp đồng và bổ sung chi phí phát sinh, công tác GPMB chậm...
Đối với tuyến số 2 Bến Thành - Tham Lương, đến nay công tác GPMB mới bàn giao được 85,15%. Trong đó, vướng mắc nhất là thủ tục bồi thường GPMB trên địa bàn quận 3. Hiện chính quyền TP.HCM đang chỉ đạo phấn đấu năm 2022 cơ bản hoàn thành công tác GPMB.
Bên canh đó, tại dự án, ngoài gói thầu xây dựng tòa nhà văn phòng và các công trình phụ trợ tại depot Tham Lương đang thi công thì các gói thầu khác đang ở giai đoạn lựa chọn nhà thầu. Kế hoạch giải ngân vốn trong nước mới đạt hơn 35%, trong khi vốn ODA chỉ đạt 2,5%.
Ngoài ra, còn một khó khăn nữa là công tác đàm phán phụ lục hợp đồng cho các công việc phát sinh để huy động lại tư vấn IC triển khai dự án. Công đoạn này ban đầu dự kiến hoàn thành đàm phán và huy động tư vấn IC vào đầu năm 2020. Tuy nhiên, tháng 3/2022, tư vấn IC đột ngột đơn phương ra thông báo kết thúc hợp đồng làm chậm tiến độ công tác cập nhật hồ sơ mời thầu, mời thầu lại các gói thầu chính của dự án (dự kiến hoàn thành vào năm 2020-2021)…
Với những khó khăn trên, TP.HCM xin điều chỉnh thời gian hoàn thành dự án thay vì phải hoàn thành như kế hoạch được phê duyệt ban đầu.