Quy định về kiểm tra sau thông quan trong dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan đang trở thành nội dung nhận được nhiều ý kiến trái chiều từ cộng đồng doanh nghiệp, hiệp hội ngành hàng và các cơ quan quản lý. Trong khi doanh nghiệp mong muốn cơ chế linh hoạt hơn để giảm áp lực tuân thủ và hạn chế ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh, cơ quan soạn thảo vẫn giữ quan điểm duy trì khung quy định như hiện hành nhằm bảo đảm hiệu quả quản lý nhà nước.
Theo dự thảo, kiểm tra sau thông quan sẽ được thực hiện trong thời hạn tối đa 5 năm tính từ ngày đăng ký tờ khai hải quan đến thời điểm ban hành quyết định kiểm tra. Đây là quy định được Bộ Tài chính cho rằng cần tiếp tục duy trì để bảo đảm tính ổn định của chính sách cũng như tạo cơ sở pháp lý rõ ràng cho doanh nghiệp trong quá trình dự báo và hoạch định hoạt động kinh doanh.
Tuy nhiên, nhiều ý kiến từ địa phương và cộng đồng doanh nghiệp cho rằng việc “đóng khung” cứng mốc thời gian 5 năm có thể phát sinh vướng mắc khi triển khai trên thực tế. Một số cơ quan như UBND TP.HCM, Bắc Ninh hay Bộ Quốc phòng nhận định có những trường hợp vi phạm chỉ được phát hiện sau thời gian dài, khi đó cơ quan chức năng sẽ gặp khó khăn trong việc mở rộng phạm vi kiểm tra hoặc truy thu đầy đủ nghĩa vụ thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Không ít doanh nghiệp cũng bày tỏ lo ngại rằng nếu quy định thiếu linh hoạt, cơ quan quản lý có thể bị hạn chế công cụ xử lý đối với các vụ việc phức tạp kéo dài nhiều năm. Trong khi đó, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam cho rằng thời hạn tối đa 5 năm về cơ bản là phù hợp, song cần bổ sung dẫn chiếu rõ ràng đến các quy định tại khoản 7 và khoản 8 Điều 44 của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 để bảo đảm tính thống nhất trong áp dụng pháp luật.
Trước các góp ý này, Bộ Tài chính vẫn bảo lưu quan điểm không điều chỉnh quy định hiện hành. Theo cơ quan soạn thảo, việc giới hạn thời gian kiểm tra sau thông quan ở mức 5 năm giúp phân định rõ ranh giới giữa hoạt động kiểm tra hải quan với thanh tra, kiểm tra chuyên ngành khác, đồng thời hạn chế tình trạng chồng chéo trong quá trình thực thi.
Bộ cũng cho rằng trong trường hợp phát hiện dấu hiệu vi phạm về thuế, cơ quan chức năng hoàn toàn có thể áp dụng các quy định của pháp luật về quản lý thuế để xử lý độc lập mà không nhất thiết phải mở rộng thời hạn kiểm tra sau thông quan. Điều này được xem là giải pháp nhằm vừa bảo đảm hiệu quả quản lý, vừa tránh kéo dài áp lực pháp lý đối với doanh nghiệp.
Bên cạnh phạm vi kiểm tra, thời hạn thực hiện kiểm tra sau thông quan cũng là vấn đề nhận được nhiều tranh luận. Dự thảo hiện quy định thời gian kiểm tra tối đa là 20 ngày kể từ thời điểm bắt đầu tiến hành kiểm tra và được phép gia hạn một lần không quá 20 ngày đối với trường hợp có nội dung phức tạp hoặc phạm vi lớn.
Nhiều doanh nghiệp lớn cùng các hiệp hội ngành hàng cho rằng quy định này vẫn khá dài, có nguy cơ ảnh hưởng tới hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt với doanh nghiệp có quy mô xuất nhập khẩu lớn và khối lượng hồ sơ đồ sộ. Các tập đoàn như Samsung, Canon cùng một số hiệp hội dệt may, da giày đề xuất cần thiết kế cơ chế linh hoạt hơn để giảm chi phí tuân thủ và phù hợp với định hướng cải cách thủ tục hành chính.
Một số ý kiến còn đề nghị áp dụng phương thức phân loại doanh nghiệp theo mức độ rủi ro thay vì sử dụng chung một khung thời gian cho mọi trường hợp. Theo hướng tiếp cận này, những doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt, hồ sơ minh bạch và quy mô kiểm tra đơn giản có thể được rút ngắn thời gian kiểm tra. Ngược lại, các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao hoặc dữ liệu phức tạp mới cần kéo dài thời gian và áp dụng cơ chế gia hạn.
Cộng đồng doanh nghiệp đánh giá đây là giải pháp có thể giúp giảm áp lực cho khu vực sản xuất, đồng thời vẫn duy trì hiệu quả quản lý nếu được triển khai trên nền tảng quản trị rủi ro và số hóa dữ liệu hải quan. Việc áp dụng cơ chế “kiểm tra theo mức độ tuân thủ” cũng được xem là phù hợp với xu hướng cải cách thủ tục tại nhiều quốc gia.
Dù vậy, Bộ Tài chính không đồng tình với đề xuất rút ngắn thời hạn kiểm tra. Cơ quan này cho rằng hoạt động kiểm tra sau thông quan có tính chất đặc thù, liên quan trực tiếp đến hệ thống chứng từ kế toán, dữ liệu xuất nhập khẩu, quy trình sản xuất và nhiều hồ sơ lưu trữ trong thời gian dài của doanh nghiệp. Vì vậy, cơ quan kiểm tra cần quỹ thời gian đủ lớn để đánh giá đầy đủ, chính xác và tránh bỏ sót vi phạm.
Theo Bộ Tài chính, quy định tối đa 20 ngày kèm cơ chế gia hạn hiện nay vẫn bảo đảm kiểm soát quyền lực nhà nước và phù hợp với thực tiễn quản lý. Nếu rút ngắn thời gian, nguy cơ phát sinh tình trạng kiểm tra nhiều lần hoặc bỏ lọt vi phạm là khá lớn, từ đó có thể ảnh hưởng tới hiệu quả quản lý thuế và hải quan.
Cơ quan soạn thảo cũng giải thích thêm rằng việc tính thời hạn từ thời điểm “bắt đầu tiến hành kiểm tra” thay vì thời điểm ban hành quyết định là phù hợp với quy trình nghiệp vụ, bởi cơ quan chức năng cần có thời gian chuẩn bị hồ sơ, kế hoạch và dữ liệu trước khi làm việc trực tiếp với doanh nghiệp. Bộ Tài chính khẳng định cách tính này phù hợp với đặc thù của lĩnh vực hải quan và không làm ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp của người khai hải quan.
