Khu bảo tồn biển Phú Quốc tổng diện tích mặt nước hơn 40.909ha thuộc Vườn quốc gia Phú Quốc, gồm 3 phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phục hồi sinh thái, dịch vụ-hành chính. Ngoài ra, còn thiết lập vùng đệm để hạn chế các tác động trực tiếp của các hoạt động kinh tế-xã hội từ bên ngoài vào vùng bảo tồn san hô và thảm cỏ biển trong khu bảo tồn biển.
Theo khảo sát, vùng biển Phú Quốc còn là nơi tập trung nguồn giống, bãi ươm nuôi của ấu trùng, con non của các loài hải sản được ngư dân nuôi trong những chiếc bè lồng giữa biển, tạo nguồn lợi thủy sản chất lượng cao và công ăn việc làm ổn định cho người dân trên đảo. Tại Khu bảo tồn biển Phú Quốc, diện tích bảo tồn rạn san hô 9.720ha thuộc cụm đảo Hòn Thơm; bảo tồn cỏ biển 6.825ha thuộc địa bàn từ xã Bãi Thơm đến xã Hàm Ninh; vùng phát triển trên 10.000ha.
Cùng với nhiều loài cá rạn san hô có giá trị thương mại cao như cá mù, cá hồng, cá kẽm, cá bè, cá mó, cá bò da... được khai thác phục vụ nhu cầu lớn của thị trường. Bên cạnh đó một số loài động vật thân mềm quý hiếm cũng được nuôi cấy và phát triển ở đây như hầu ngọc, bào ngư, điệp....
Khu bảo tồn biển Phú Quốc có vai trò quan trọng trong việc phục hồi, tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản, phát triển kinh tế biển, góp phần cải thiện sinh kế của người dân ven biển và hải đảo; nghiên cứu khoa học, giáo dục cộng đồng, giải trí, du lịch sinh thái và những vấn đề về môi trường.
Nhằm bảo vệ, phát triển bền vững hệ sinh thái tại Khu bảo tồn biển và vùng đệm, Vườn quốc gia Phú Quốc đã tiến hành điều tra, khảo sát hiện trạng đa dạng sinh học, điều chỉnh phạm vi diện tích các phân khu trong Khu bảo tồn biển Phú Quốc.
Qua đó, lên phương án triển khai các giải pháp nhằm đảm bảo duy trì các quá trình sinh lý và sinh thái của các hệ sinh thái, bảo tồn các quần xã sinh vật đặc trưng liên quan đến các hệ sinh thái đặc thù cũng như các khía cạnh về sinh học, sinh thái và kinh tế-xã hội.
Tuy nhiên, thời gian qua Khu bảo tồn biển đối mặt với nhiều thách thức, đòi hỏi các ngành chức năng cần tăng cường này hiệu quả hơn để bảo vệ tốt các hệ sinh thái biển, ven biển và hải đảo.
Trong đó, tình trạng ô nhiễm môi trường, hoạt động san lấp, lấn biển để xây dựng các khu nghỉ dưỡng, nhà hàng, khách sạn, âu tàu diễn biến hết sức phức tạp. Cùng với đó là, tình trạng sử dụng hóa chất độc, chất nổ, xung điện, phương tiện, ngư cụ khai thác có tính hủy diệt để khai thác thủy sản vẫn còn diễn ra, vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo tồn biển. Trước thực trạng trên, Vườn quốc gia Phú Quốc kiến nghị ngành chức năng tỉnh Kiên Giang đã tiến hành rà soát, đánh giá tác động của các dự án có liên quan đến Khu bảo tồn biển, nhất là các dự án phát triển du lịch, khu nghỉ dưỡng, khu đô thị lấn biển, khu đô thị ven biển được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc hoạt động không đúng theo quy hoạch từ trước đến nay để có giải pháp xử lý.
Đồng thời, kiểm tra, xử lý các cơ sở nuôi trồng, mua bán, chế biến thủy sản, các cửa hàng kinh doanh đồ thủ công mỹ nghệ có nguồn gốc thủy sản nguy cấp, quý hiếm bị nghiêm cấm khai thác đánh bắt. Xử lý các phương tiện tổ chức du lịch, khai thác san hô, cỏ biển, khai thác và nuôi trồng thủy sản trái phép trong Khu bảo tồn biển Phú Quốc.
Hướng tới thực hiện “Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045, Uỷ ban nhân dân tỉnh Kiên Giang đã ban hành Quy chế quản lý Khu Bảo tồn biển Phú Quốc, với mong muốn thực hiện nhiêm vụ bảo tồn thiên nhiên ở Khu Bảo tồn biển Phú Quốc và phục vụ phát triển du lịch.
Theo đó, quy định về quản lý các hoạt động trong Khu Bảo tồn biển (BTB) bảo tồn đa dạng sinh học và bảo vệ cảnh quan và quyền, nghĩa vụ của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý các hoạt động tại khu BTB Phú Quốc.
Quy chế được áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước có hoạt động liên quan đến Khu Bảo tồn biển, trừ trường hợp các quy định pháp luật khác và điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam tham gia có quy định khác và các cơ quan, tổ chức, cá nhân tham gia quản lý các hoạt động tại Khu BTB Phú Quốc.
Sở NN&PTNT hỗ trợ UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực thủy sản tại Khu BTB thuộc Vườn Quốc gia Phú Quốc; Tuyên truyền, phổ biến những quy định của pháp luật về các loài thủy sản khác bị cấm khai thác, cấm khai thác có thời hạn; các quy định về phương pháp khai thác, nghề, phương tiện, mùa vụ, khu vực khai thác để bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.
Bên cạnh đó, hướng dẫn địa phương triển khai mô hình nuôi thủy sản, khai thác thủy sản bền vững; thanh tra, kiểm tra, kiểm soát, xử lý các vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản; phối hợp triển khai các dự án phục hồi hệ sinh thái, tái tạo nguồn lợi thủy sản trong Khu BTB.
Tổ chức tập huấn, chuyển giao kỹ thuật sản xuất, triển khai các đề tài, mô hình khai thác, nuôi trồng thủy sản có hiệu quả tại các khu vực đã quy định để góp phần nâng cao đời sống của người dân trong và xung quanh Khu BTB
Cùng với đó, tỉnh chỉ đạo Vườn quốc gia Phú Quốc tổ chức công tác bảo tồn, bảo vệ, tái tạo, phục hồi phát triển các loài động vật, thực vật thủy sinh, cứu hộ các loài nguy cấp, quý, hiếm theo quy định của pháp luật; quan trắc, thu thập thông tin, số liệu, cập nhật cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học, chất lượng môi trường nước.
UBND tỉnh chỉ đạo Sở Du lịch chủ trì phối hợp với Vườn quốc gia Phú Quốc tổ chức quản lý và hướng dẫn các hoạt động du lịch hợp lý trong các khu vực quy định của Khu bảo tồn biển Phú Quốc cho các tổ chức, cá nhân có tham gia hoạt động trong Khu bảo tồn; tuyên truyền nâng cao nhận thức về bảo tồn biển và phổ biến quy chế quản lý Khu bảo tồn biển Phú Quốc đến các cơ quan, đơn vị, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực du lịch.
