Cụ thể, các dự án ưu tiên đầu tư gồm: đầu tư cải tạo nâng cấp luồng tuyến, nâng tĩnh không các cầu trên các tuyến vận tải chính, bảo đảm tiêu chuẩn kỹ thuật đồng bộ; ưu tiên khu vực Đồng bằng sông Hồng, khu vực Đông Nam Bộ và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long; đầu tư các cảng thủy nội địa trên các tuyến vận tải chính đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội.
Mặc dù nội dung quy hoạch không nêu danh mục các dự án cụ thể, song theo Chỉ thị số 37/2020/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ về thúc đẩy phát triển vận tải thủy nội địa và vận tải ven biển bằng phương tiện thủy, có gần 10 cầu được ưu tiên đặc biệt để đầu tư nâng cấp.
Cụ thể gồm: cầu Đuống (Hà Nội), cầu Đồng Nai cũ (Đồng Nai và Bình Dương), cầu Bình Triệu, Phước Long, Rạch Ông (Tp. Hồ Chí Minh), cầu Măng Thít (Vĩnh Long), cầu Nàng Hai (Sa Đéc, Đồng Tháp), An Long (Đồng Tháp). Các tuyến đường thủy cần huyết mạch như: kênh Chợ Gạo (giai đoạn 2), tuyến Cà Mau - Rạch Giá - Hà Tiên, sông Hàm Luông…
Trong 10 năm tới và tầm nhìn đến năm 2050, hệ thống đường thủy quốc gia được định hướng phát triển theo 9 hành lang, gồm: 1 hàng lang vận tải ven biển từ Quảng Ninh đến Kiên Giang; 4 hàng lang phía Bắc là Quảng Ninh - Hải Phòng - Hà Nội, Quảng Ninh - Hải Phòng - Ninh Bình, Hà Nội - Nam Định - Ninh Bình và Hà Nội - Việt Trì - Lào Cai; 4 hành lang khu vực miền Nam là Tp. Hồ Chí Minh - Cần Thơ - Cà Mau, Tp. Hồ Chí Minh - An Giang - Kiên Giang, Bà Rịa - Vũng Tàu - Tây Ninh – Tp. Hồ Chí Minh và Hành lang vận tải thủy kết nối với Campuchia qua sông Tiền, sông Hậu.
Cùng với đó, quy hoạch 55 tuyến vận tải chính trên 140 sông, kênh với tổng chiều dài khoảng 7.300 km; trong đó, khai thác đồng bộ theo cấp kỹ thuật đạt khoảng 5.000 km gồm: miền Bắc có 18 tuyến, miền Trung có 11 tuyến, miền Nam có 26 tuyến.
Hệ thống cảng thủy trên hệ thống đường thủy quốc gia được quy hoạch phát triển theo các hành lang và tuyến vận tải chính với 54 cụm cảng hàng hóa và 39 cụm cảng hành khách.
Theo quy hoạch, nhu cầu vốn đầu tư kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa giai đoạn 2021 - 2030 khoảng 157.533 tỷ đồng, không bao gồm kinh phí đầu tư luồng và các cảng chuyên dùng.
Giải pháp về nguồn vốn sẽ cân đối ưu tiên vốn ngân sách nhà nước để đầu tư kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa công cộng thuộc các tuyến vận tải trọng yếu. Đồng thời, đẩy mạnh huy động nguồn lực ngoài ngân sách đầu tư, phát triển kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa, đặc biệt đối với cảng thủy nội địa.