Đây là một bất ngờ lớn của SEA Games 31 khi lễ bốc thăm chia bảng các bộ môn bóng đá đã diễn ra một tuần và thời gian chỉ còn chưa tới 1 tháng là diễn ra các lượt trận thi đấu chính thức đầu tiên của SEA Games 31.
Ở SEA Games 31, đội tuyển bóng đá nữ Indonesia nằm chung bảng A với đội tuyển chủ nhà nữ Việt Nam, Philippines và Campuchia. Bảng B gồm có Thái Lan, Myanmar, Lào và Singapore. Với việc đội tuyển nữ Indonesia xin rút lui, bảng A môn bóng đá nữ SEA Games 31 sẽ chỉ còn lại 3 đội Việt Nam, Philippines và Campuchia. Điều này gây xáo trộn lớn về lịch thi đấu tại bảng A và Ban tổ chức SEA Games 31 sẽ phải tiến hành xắp sếp, điều chỉnh lại lịch thi đấu của các đội tuyển cho phù hợp. Các đội tại bảng A sẽ chỉ phải đi đấu 2 trận và lấy 2 đội nhất, nhì bảng vào vòng bán kết. Trong khi bảng B vẫn giữ nguyên 4 đội tuyển và mỗi đội sẽ phải thi đấu 3 trận tại vòng bảng.
Theo danh sách đăng ký tại lễ bốc thăm, bộ môn futsal nữ tại SEA Games 31 chỉ có 5 đội tuyển: Thái Lan, Việt Nam, Indonesia, Malaysia và Myanmar nên không tiến hành chia bảng, chỉ tổ chức thi đấu vòng tròn 1 lượt và căn cứ vào thứ tự xếp hạng các đội để trao huy chương. Với việc đội tuyển futsal nữ Indonesia xin rút lui, bộ môn futsal nữ SEA Games 31 sẽ chỉ còn lại 4 đội tuyển thi đấu vòng tròn 1 lượt để tranh 3 bộ huy chương vàng, bạc và đồng. Lịch thi đấu futsal nữ cũng sẽ phải được điều chỉnh cho phù hợp với tình hình mới.
Tại SEA Games 31, theo dự kiến tất cả các trận đấu môn bóng đá nữ sẽ được diễn ra trên sân vận động Cẩm Phả, Quảng Ninh. Các trận đấu bảng môn bóng đá nữ sẽ diễn ra vào các khung giờ 16h00 và 19h00 từ 09/05/2022 đến 15/05/2022. Hai trận bán kết môn bóng đá nữ sẽ diễn ra vào ngày 18/05/2022. Nếu đội tuyển nữ Việt Nam vào bán kết sẽ thi đấu vào lúc 19h00, trận bán kết còn lại sẽ diễn ra vào lúc 16h00. Trận tranh hạng ba và chung kết môn bóng đá nữ sẽ diễn ra vào ngày 21/05/2022 vào khung giờ 16h00 và 19h00.
Môn Futsal nữ theo dự kiến sẽ khởi tranh từ ngày 10/05/2022 và kết thúc vào ngày 19/05/2022. Tất cả các trận đấu môn Futsal nữ đều được tổ chức tại Nhà thi đấu tỉnh Hà Nam vào các khung giờ 13h00 và 16h00.