Hoàn thuế giá trị gia tăng cần phân loại chính xác phần có rủi ro
Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) vừa có Công văn số 152/CV-VASEP gửi Bộ Tài chính, Cục Thuế và Cục Hải quan, đề xuất tháo gỡ hàng loạt vướng mắc liên quan đến chính sách thuế trong hoạt động chế biến, xuất khẩu thủy sản.
VASEP đánh giá cao những động thái gần đây của cơ quan thuế trong việc hỗ trợ doanh nghiệp xử lý các vấn đề liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Trong đó, đáng chú ý là việc tổ chức các hội nghị trao đổi, tháo gỡ vướng mắc về hoàn thuế; ban hành Công văn 6810/CT-QLNT ngày 14/9/2026 về xác định tỷ giá trên hóa đơn đối với các nghiệp vụ kinh tế, tài chính bằng ngoại tệ và Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 về xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
Dù vậy, theo VASEP, quá trình thực hiện chính sách trên thực tế vẫn phát sinh nhiều điểm chưa thống nhất. Sự khác biệt trong cách hiểu giữa các địa phương, cơ quan quản lý hoặc giữa các thời kỳ khiến doanh nghiệp khó dự đoán cách xử lý đối với những giao dịch tương tự.
Đối với lĩnh vực xuất khẩu thủy sản, vấn đề hoàn thuế có ý nghĩa đặc biệt quan trọng do doanh nghiệp thường phát sinh lượng thuế GTGT đầu vào lớn. Trước khi Công văn 6936/CT-QLTT được ban hành, một số hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do hệ thống xuất hiện cảnh báo rủi ro đối với một số hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3. Trong khi đó, những giao dịch khác không có dấu hiệu bất thường cũng phải chờ xác minh, khiến toàn bộ hồ sơ bị ảnh hưởng.
Theo VASEP, Công văn 6936 đã làm rõ một nguyên tắc đáng chú ý: cảnh báo rủi ro chỉ là cơ sở để phân loại và xác minh, không đồng nghĩa với việc giao dịch bị cảnh báo là giao dịch không có thật. Do đó, trường hợp chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có dấu hiệu rủi ro thì cơ quan quản lý cần tập trung kiểm tra phần này, còn phần đáp ứng đầy đủ điều kiện vẫn cần được tiếp tục giải quyết.
Từ đó, VASEP kiến nghị nguyên tắc này được áp dụng thống nhất trên toàn quốc, đồng thời ưu tiên xử lý các hồ sơ đang tồn đọng. Hiệp hội cũng cho rằng cảnh báo F2, F3 hoặc việc nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau thời điểm giao dịch không nên tự động trở thành căn cứ để bác hoàn hoặc thu hồi thuế nếu doanh nghiệp có đầy đủ chứng từ chứng minh giao dịch thực tế.
Một vấn đề khác được VASEP đề nghị làm rõ là trường hợp nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình A11/A12 nhưng sau đó được đưa vào sản xuất và thực tế xuất khẩu theo B11. Theo Hiệp hội, việc xem xét quyền hoàn thuế cần căn cứ vào bản chất sử dụng hàng hóa và hồ sơ chứng minh, thay vì chỉ dựa vào sự khác biệt giữa các mã loại hình.
Không chỉ thủ tục hoàn thuế, chính sách thuế GTGT đối với sản phẩm thủy sản cũng đang tồn tại cách hiểu khác nhau. VASEP phản ánh cùng một nhóm sản phẩm như tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh nhưng tại các địa phương có thể được áp dụng chính sách khác nhau, tùy thuộc nguồn nguyên liệu, mức độ xử lý, chủ thể bán hàng và khâu lưu thông.
Có trường hợp sản phẩm được xác định thuộc diện không chịu thuế; trường hợp khác lại được xác định không phải kê khai, tính nộp thuế hoặc áp dụng thuế suất 8% hay 10%. Đáng chú ý, có tình huống cơ quan thuế quản lý bên bán chấp nhận hóa đơn có thuế và bên bán đã kê khai, nộp thuế, nhưng cơ quan thuế quản lý bên mua lại không chấp nhận khoản thuế này để khấu trừ hoặc hoàn.
VASEP cho biết nhiều đơn hàng thủy sản chỉ có biên lợi nhuận khoảng 3%-5%. Vì vậy, việc phải gánh thêm khoản thuế GTGT 8%-10% không được khấu trừ hoặc hoàn có thể làm thay đổi đáng kể hiệu quả kinh doanh.
Hiệp hội đề nghị ban hành hướng dẫn thống nhất trên phạm vi cả nước và xây dựng bảng tra cứu theo từng nhóm sản phẩm, quy trình sản xuất. Các trường hợp tôm, cá, mực, nghêu ở dạng tươi sống, đông lạnh, hấp, luộc và những công đoạn sơ chế phổ biến cần được minh họa cụ thể để doanh nghiệp có thể xác định chính sách thuế ngay từ khâu giao dịch.
Cần tách rõ “sơ chế” và “chế biến” khi áp dụng chính sách thuế
Theo VASEP, một điểm nghẽn mang tính nền tảng là cách phân định giữa “sơ chế” và “chế biến”. Một quy trình gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng, đóng gói có thể được coi là “sơ chế thông thường” trong quá trình xác định thuế GTGT nhưng lại được xem là “chế biến” khi xác định ngành nghề và điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN.
Quyết định 36/2025/QĐ-TTg về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam quy định ngành 1020 là “Chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản”. Nhóm ngành này bao gồm nhiều hoạt động như làm lạnh, sấy khô, hun khói, ướp muối, đóng gói, trong đó có cả hoạt động bỏ đầu cá, lấy ruột, cắt thành miếng rồi đông lạnh.
Tuy nhiên, VASEP lưu ý Quyết định 36/2025/QĐ-TTg là văn bản phân ngành kinh tế, không phải văn bản trực tiếp quy định sản phẩm nào chịu thuế, không chịu thuế hoặc điều kiện hưởng ưu đãi thuế. Vì vậy, cần phân định hai lớp tiêu chí: xác định bản chất hoạt động, ngành nghề theo hệ thống ngành kinh tế và xác định nghĩa vụ thuế dựa trên các quy định riêng của pháp luật về GTGT, TNDN.
“Việc một sản phẩm được xác định là sơ chế hay chế biến cho mục đích giá trị gia tăng không nên mặc nhiên quyết định toàn bộ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp là sơ chế hay chế biến khi áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp”, VASEP nhấn mạnh.
Thực tế, doanh nghiệp còn gặp khó trong hoạt động nhận nguyên liệu của bên đặt gia công rồi trực tiếp fillet, cắt, cấp đông và giao thành phẩm. Có thời điểm hoạt động này được xác định là chế biến thủy sản, nhưng tại một kỳ kiểm tra khác lại có cách đánh giá khác do doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu.
Tương tự, việc phân loại bột cá, mỡ cá và sản phẩm được tạo ra từ phụ phẩm giữa các nhóm ngành 1020, 10401 và 1080 cũng chưa có cách hiểu thống nhất. VASEP đề nghị xây dựng tiêu chí dựa trên bản chất sản phẩm và quy trình thực tế, thay vì coi quyền sở hữu nguyên liệu là điều kiện quyết định duy nhất.
Liên quan đến ưu đãi thuế TNDN, Hiệp hội đề nghị có hướng dẫn cụ thể về phương pháp xác định tỷ lệ giá trị nguyên liệu nông, thủy sản trong chi phí sản xuất. Điều này đặc biệt cần thiết đối với trường hợp một loại nguyên liệu và một quy trình sản xuất đồng thời tạo ra sản phẩm chính và phụ phẩm.
Một nhóm vấn đề khác liên quan đến tỷ giá trên hóa đơn điện tử. VASEP đánh giá Công văn 6810/CT-QLNT đã góp phần tháo gỡ vướng mắc về nguyên tắc xác định tỷ giá. Tuy nhiên, Hiệp hội cho rằng cần tiếp tục thống nhất cách xử lý mối quan hệ giữa hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và sổ kế toán.
Doanh nghiệp không nên bị yêu cầu sử dụng một tỷ giá duy nhất trên tất cả chứng từ nếu pháp luật về hóa đơn, kế toán, thuế và hải quan quy định thời điểm hoặc mục đích xác định tỷ giá khác nhau. Theo VASEP, chênh lệch quy đổi VND giữa hóa đơn và tờ khai hải quan cũng không nên mặc nhiên bị coi là sai hóa đơn, sai doanh thu hoặc trở thành căn cứ bác hoàn thuế nếu tỷ giá được doanh nghiệp xác định đúng quy định.
Hiệp hội đề xuất xây dựng cơ chế đối chiếu thống nhất giữa hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và sổ kế toán, đồng thời tăng cường liên thông dữ liệu giữa cơ quan Thuế và Hải quan để giảm việc nhập lại thông tin và hạn chế những cảnh báo xuất phát từ sai lệch kỹ thuật.
Thống nhất xử lý hàng trả về và chính sách thuế trong toàn hệ thống
Với hàng xuất khẩu bị khách hàng trả về để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, VASEP cho rằng cần nghiên cứu cách xử lý phù hợp hơn với bản chất giao dịch. Trường hợp hàng hóa chỉ được tái nhập để sửa chữa, tái chế và sau đó tái xuất, nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp luật, Hiệp hội đề nghị xem xét áp dụng theo diện không chịu thuế GTGT thay vì buộc doanh nghiệp thực hiện cơ chế “nộp trước - hoàn sau”.
Bên cạnh đó, cần có hướng dẫn thống nhất về mã loại hình, thành phần hồ sơ, cách xử lý khi hàng được tái xuất cho khách hàng ban đầu hoặc chuyển sang một nước, chủ thể khác. Việc điều chỉnh doanh thu và thuế GTGT đầu vào đã hoàn trong những trường hợp này cũng cần được quy định rõ.
Đối với thuế TNCN, VASEP đề cập một vấn đề thường phát sinh trong ngành chế biến thủy sản vốn sử dụng nhiều lao động, đó là tiền lương của tháng cuối cùng được thanh toán sau thời điểm người lao động chấm dứt hợp đồng.
Hiệp hội kiến nghị khoản tiền lương thực tế phát sinh trong thời gian hợp đồng lao động trên 3 tháng còn hiệu lực, dù được thanh toán sau ngày chấm dứt hợp đồng theo kỳ lương đã thỏa thuận, cần được khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần. Việc áp dụng mức khấu trừ 10% chỉ vì thời điểm thanh toán nằm sau ngày nghỉ việc, theo VASEP, là chưa phản ánh đúng bản chất khoản thu nhập. Đồng thời, cần phân biệt rõ tiền lương theo hợp đồng với khoản chi trả sau khi hợp đồng kết thúc, thu nhập của lao động thời vụ và các khoản trợ cấp, thu nhập khác để có cách khấu trừ phù hợp.
Từ những vướng mắc trên, VASEP cho rằng vấn đề không chỉ nằm ở việc bổ sung hoặc sửa đổi quy định mà còn ở sự thống nhất trong thực thi. Hiện có tình trạng cùng một vấn đề được giải thích khác nhau giữa các địa phương, các cơ quan hoặc giữa những thời kỳ khác nhau. Một số doanh nghiệp dù đã trải qua kỳ kiểm tra thuế vẫn phải tiếp tục giải trình về cùng nội dung, trong khi kết quả xử lý trước đó chưa được kế thừa đầy đủ.
VASEP kiến nghị xây dựng cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra, theo đó không kiểm tra lặp lại cùng nội dung, cùng thời kỳ và cùng hồ sơ nếu không xuất hiện chứng cứ mới. Khi chính sách hoặc hướng dẫn được thay đổi, cơ quan quản lý cũng cần quy định rõ thời điểm bắt đầu áp dụng và cơ chế chuyển tiếp đối với các giao dịch đã phát sinh.
Đối với các nội dung có sự giao thoa giữa cơ quan Thuế, Hải quan và quản lý chuyên ngành thủy sản, Hiệp hội đề xuất ban hành hướng dẫn liên ngành, đồng thời xây dựng bộ tình huống chuẩn để áp dụng thống nhất trên cả nước. Các tình huống cần tập trung vào những vấn đề thường xuyên phát sinh trong hoạt động của doanh nghiệp thủy sản như hoàn thuế GTGT, phân định sơ chế - chế biến, gia công, phụ phẩm, tỷ giá và hóa đơn xuất khẩu, hàng hóa bị trả về hay chênh lệch khối lượng.
Theo VASEP, việc hình thành một cách hiểu và phương thức thực thi thống nhất sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong hoạt động sản xuất, xuất khẩu, giảm thời gian xử lý hồ sơ và hạn chế các rủi ro phát sinh do cách áp dụng chính sách khác nhau. Đây cũng là cơ sở để ngành thủy sản nâng cao hiệu quả kinh doanh và duy trì năng lực cạnh tranh trong quá trình mở rộng thị trường xuất khẩu.
